As ligações físicas de Pauini, distante 923 quilômetros da capital amazonense com o restante do país estão praticamente interrompidas em razão de fatores climáticos e políticos.
O município não tem acesso por terra que ligue a nenhuma outra região do Estado do Amazonas e seu aeroporto funciona em uma pista irregular, localizada no centro da cidade, cheias de lamas e buracos. Os voos de aeronaves de pequeno porte são eventuais basicamente para transporte de pacientes até Boca do Acre ou Rio Branco (AC), empresários e autoridades públicas.
O transporte fluvial utilizado pela maioria das pessoas para o deslocamento até outros municípios está comprometido pelo assoreamento do rio Purus, em seu terço médio e pelo nível muito baixo de suas águas. Para ter uma ideia, uma viagem até Boca do Acre, município vizinho que em condições normais seria feita em menos de 24 horas, agora está levando cerca de uma semana, e, assim mesmo, só pode ser realizada em embarcações de aspecto lacônico.
A população que se utiliza desse meio de transporte está correndo o risco constante de morte. Os barcos encalham várias vezes durante a viagem, e seguem lentamente o percurso tentando desviar de troncos de árvores que infestam o leito do rio.
A cidade vive uma crise de abastecimento. Os donos dos comércios locais não têm como transportar as mercadorias que adquirem em outras praças, sem pagar elevado preço pelo frete, isso quando conseguem vagas para suas mercadorias em algumas das poucas embarcações que teimosamente continuam trafegando por esse trecho do rio Purus.
A situação que já é grave tende a piorar. Segundo relatos dos comandantes de embarcações, a situação vem se agravando ano a ano. Eles afirmam que se medidas de drenagem e limpeza do leito não forem adotadas com urgência, nenhum barco poderá viajar no verão, no trecho que liga Pauini a Boca do Acre.